员工辞职后，个人所得税的处理涉及到以下几个方面：
1. 最后一个月的工资：公司需要按照原来的工资计算个人所得税，并及时申报缴纳。
2. 补偿金和离职金：如果公司按照相关法律规定向员工支付了补偿金和离职金，需要计算应缴纳的个人所得税并在规定期限内缴纳。
3. 健康和失业保险金：个人所得税的计算基础不包括员工所缴纳的健康和失业保险金。如果员工就业之后没有领取失业保险金，可向当地税务部门提出退税申请。
4. 税前扣除：员工个人所得税的计算可以享受税前扣除的政策，如子女教育、房贷利息等扣除项目，具体情况可向当地税务部门咨询。
总之，公司需要按照相关规定计算并缴纳员工的个人所得税，避免出现税款逾期等问题。同时，员工也需要注意了解个人所得税相关规定，避免因为文件不全或不了解政策而造成损失。