合同能源管理收入应该按照以下方式入账：
1. 在收入确认原则下，节能服务收入应该由项目节能量的测试结果以及节能效益收益分享比例来决定。借记“银行存款”、“应收账款”等科目，贷记“主营业务收入”科目。
2. 在节能设备改扩建期间，如果企业要停止使用节能设备，工期又比较长，应在改扩建之前，将其净值转入在建工程。工程完工交付使用时，转入节能设备。借记“固定资产”科目，贷记“在建工程”科目。因改良延长了节能设备使用年限的，应对其设备原使用年限和折旧率进行调整。
3. 合同期满，节能资产随投资的回收基本已折旧或摊销完毕，账面价值为零，只需做简单的资产清理账务处理。
具体操作可能因业务的不同而有所变化，建议在实际操作中结合法规和业务的具体情况进行会计处理。