M菌发酵的过程如下：
首先将塑料桶等用具经灭菌消毒处理备用，通常是洗干净后放太阳下晾晒几个小时，晾干水分。
在塑料桶中放入适量红糖，将无菌水（烧开水）倒入桶中，盖上盖子。等水温凉到30度左右时加入EM菌种一瓶（10克装的），最后盖紧桶盖，高温季节放在阴凉处，加速发酵速度。
气温在25—35℃，发酵进行到第3天时，水面会出现泡沫，第7-8天时，泡沫慢慢消失，水面浮起一片白色的悬浮物，这时虽然发酵还没有完全完成，但可以用于生产了。到第12天左右时，悬浮物沉入桶底，发酵结束。
以上是M菌发酵的基本步骤，您可以根据实际情况进行调整。