朱元璋杀沈万三的原因有多种解释：
仇富心理。朱元璋小时候是穷苦人堆里爬出来的，受尽地主剥削。在他眼里，这些富人都是为富不仁的，更何况沈万三还是首富，所以朱元璋杀沈万三可能是出于对富人的报复心理1。
保住权威。作为帝王，对国家必须有绝对的掌控权，而沈万三在民间威望极高，已经对皇权产生了威胁，所以朱元璋杀沈万三是为了除掉他以确保国家对权力的掌控
消除隐患。国家初定，还有许多不安分因素，为防止敌对势力死灰复燃，朱元璋杀沈万三是为了消除隐患
此外，还有沈万三自恃有钱不懂收敛，触犯了皇帝的威严，以及触动了朱元璋的政治利益等原因