制药企业的自控工程师可以属于不同部门，具体归属部门可能根据公司规模、组织结构和工作内容的不同而有所不同。以下是一些可能的归属部门：
1. 自动化工程部门： 自控工程师可能属于自动化工程部门，负责设计、开发和维护制药企业的自动化控制系统和仪器设备，提高制药过程的自动化程度和生产效率。
2. 工程部门： 自控工程师可能属于工程部门，与其他工程师一起负责设备和工艺的设计、改进和维护，确保生产线的正常运行。
3. 质量控制部门： 自控工程师可能属于质量控制部门，负责监控和控制生产过程中的质量参数，并提供技术支持和解决方案以确保产品质量符合标准和法规要求。
4. 生产部门： 自控工程师可能属于生产部门，负责监控和控制制药过程中的工艺参数，优化生产过程，提高产品质量和产量。
需要注意的是，不同公司可能在组织架构上有所不同，以上仅为一些常见的归属部门，具体情况还需根据不同企业来确定。