1、入学考试不同：
自考没有入学考试，函授本科需要参加成人高考（入学考试）。
2、毕业证不同：
自考毕业证上面加盖省自考委印章和主考院校印章（双章），函授本科毕业证书上面只加盖毕业学校的章（单章）。
3、学制不同：
自考没有学制限制，比较灵活，什么时候通过课程考试，什么时候就可以申请毕业。而函授本科有固定学制，高起本是5年，专升本是2.5年。
4、学习方式不同
自考以考生自学为主。函授教学主要以有计划、有组织、有指导的自学为主，并组织系统的集中面授，面授时间一般为周末或者晚上集中面授7-10天左右。
函授和自考哪个含金量高
函授本科和自考本科含金量是一样的，都是成人继续教育，取得的学历都是非全日制本科学历，作用是一样的。在考研、考公务员等方面，自考本科可以考的，函授本科肯定也能考；自考本科不能考的，那么函授本科也不能考，所以区别不大。