黄柏苗根系腐烂主要是受到过度浇水、土壤通气不良或病虫害等因素的影响，若苗木根系腐烂，需要及时采取措施。
以下是处理方法：
1. 先将黄柏苗取出来晾干，将泥土清除干净，检查根部，将病状严重的根部剪掉。
2. 因为根系已经腐烂，黄柏苗的营养摄取能力受到影响，需要重新植入新土。在新土中加入腐熟的有机肥或者草木灰等，增加土壤的肥力和通气性。
3. 植入新土后，将黄柏苗用固定杆支撑固定，避免移动，并放置于通风、光线充足的环境中。
4. 经过一段时间后，黄柏苗的新生根系长出，可以慢慢减少浇水量，之后逐渐恢复正常浇水量，同时要保证土壤通气性良好。
总之，黄柏苗根系腐烂是一种常见的现象，要及时采取措施，保证黄柏苗能够健康成长。