在此后长期的历史岁月中，这个宫殿之所以能够幸免于难保存至今，主要是因为它的位置比较偏，在整个明代陵区的最核心最里面，因而受到战乱的波及较少，
其次，就是殿内并无任何的贵重物品，最后就是清代时期曾经对其进行过修缮，所以它保存的是所有明代地面建筑宫殿中最好的一座。此后直到新中国成立后这座祾恩殿才受到了一定的损害，主要也是天灾造成的。综上所述，明代在北京的帝王陵墓中，长陵的祾恩殿是保存至今最好的地上宫殿，它之所以能够保存上百年而没有大的问题是其本身建造质量过硬，且因为位置的问题较少受到战火的波及，并且在清代也曾被重修修复过。