拼多多商家版在发货后显示逾期发货，可能是由于以下原因导致的：
1. 物流信息更新不及时：商家已发货，但物流信息未能及时更新，导致系统判断为逾期发货。
2. 系统误判：拼多多平台在计算发货时间时，可能会出现误判情况，将实际已发货的订单判断为逾期发货。
针对这种情况，您可以尝试以下解决办法：
1. 联系拼多多人工客服：向拼多多客服说明订单号和实际情况，要求客服协助查询并解决问题。
2. 提供物流证明：如果物流信息更新不及时，您可以提供货物的物流证明，如物流单号、物流公司名称等，以证明货物已经发出。
3. 耐心等待：有时平台可能会误判，只需耐心等待一段时间，系统会自动更新物流信息，取消逾期发货的判定。
请注意，保持良好的物流沟通和监控物流状态至关重要。商家应在货物发出后及时更新物流信息，避免因物流问题导致的逾期发货判罚。同时，关注顾客反馈，及时解决售后问题，提高店铺好评率。