首先是温度方面的控制。在南方辣椒育苗比较早，因为其苗期长达50天左右，而定植也是在4月份清明以后，所以辣椒的播种是选择在2月份中下旬，这个时候的温度还是比较低的。当辣椒经过催芽，播种到了苗床，还需要用竹片把苗床弓起来，然后再覆盖上塑料膜来保温的。而在这个期间早晚的温差比较大，所以要想辣椒苗长势好，白天的温度尽量控制在20-25度左右，晚上的时候控制在15度左右。当遇到晴天的时候，如果温度比较高，就要把塑料膜两端掀开，或者是全部的塑料膜掀开，增加透光，增强秧苗抗性；在后期随着秧苗不断的生长，它们对低温的适应能力也是在不断增强，因此温度的管理应是呈缓慢下降。
其次是浇水管理。辣椒出苗期间的需水量并不大，只要在播种的时候浇一遍水，保持土壤湿润就可以了。如果浇水过多了，则可以撒一些草木灰。在前期的时候，尽量不要浇水，一旦床土发白了那就要浇水了，并且辣椒苗浇水尽量选择在晴天的中午进行，在浇水后做好通风排湿措施。但是在浇水的时候必须要控制好量，最好是小水浇，等晾晒一天后在大水浇，大水浇要晾晒2天。等到辣椒苗长到四叶期就要开始勤浇水了，因为这个期间的需水量比较大了，土壤湿润更有利于辣椒苗根系的发育。而浇水同样建议是在晴天的上午进行，整个成苗期都要保持苗床湿润。但是在辣椒出苗前一周就要停止浇水了。在移栽前一天，也要浇一次透水。