补充规定如下：
一、在医院从事临床诊疗工作，并且在1998年6月26日前取得处方权，专业技术职务为教学和科研系列的人员，由所在医疗机构提出聘用意见，经省级卫生行政部门组建的医学专业技术职务任职资格评审委员会认定，符合执业医师或执业助理医师条件者，予以认定医师资格。
二、部分医疗、预防、保健机构对毕业后的研究生，没有评定初级专业技术职务，而是在工作一段时间后，经考核合格，直接聘任中级专业技术职务。因此1995、1996、1997年毕业的研究生中，有一部分人没有取得医学专业技术职务。根据《卫生技术人员职务试行条例》，对在医疗、预防、保健机构中工作的，1997年及以前毕业的研究生，予以认定医师资格。
三、1998年6月26日前经卫生行政部门批准的个体行医人员，经人事行政部门或卫生行政部门组建或批准的医学专业技术职务任职资格评审委员会评审，取得医学专业技术职务任职资格者，予以认定医师资格；具有国家承认的中等以上医学院校医学专业学历，但无医学专业技术职务任职资格者，须经省级卫生行政部门组建的医学专业技术职务任职资格评审委员会认定，符合执业医师或执业助理医师条件者，予以认定医师资格。
四、在非卫生系统所属工业部门或其它部门的医疗、预防、保健机构中从事临床、口腔、公共卫生、中医(包括民族医、中西医结合，下同)的人员，只要经其卫生主管部门组建或委托的医学专业技术职务任职资格评审委员会评审，1998年6月26日前获得医学专业技术职务任职资格者，予以认定医师资格。
五、医学院校毕业生在1998年6月26日前从事临床、口腔、公共卫生、中医工作并转正，但在国家正式开展职称评审工作前退休，或因工作需要改行从事行政管理等其它工作，未取得医学专业技术职务任职资格的人员，可依转正定级认定医师资格。
六、对于《执业医师法》颁布后至实施前发生第三十七条所列情形的人员，其医师资格可以认定。
七、出入境卫生检疫系统的人员，只要符合《执业医师法》和《办法》规定者，予以认定医师资格。
八、医学院校大学本科医学专业毕业，在医学影像科室工作，工作中出具诊断报告，专业技术职称为技师者，由所在医疗机构提出聘用意见，经省级卫生行政部门组建的医学专业技术任职资格评审委员会认定，符合执业医师条件者，予以认定医师资格。
九、参加医师资格考试合格者，将同时取得执业医师资格和初级专业技术职务任职资格。
十、医师资格证书编码由23位数字(居民身份证号码为15位)或26位数字(公民身份号码为18位)组成，其中第1至第4位是年度代码(一律填写1999)，第5至第6位是省、自治区、直辖市代码，第7位是级别代码、第8位是类别代码，第9至第23位(或26位)是身份证号码(或公民身份号码)。《医师资格认定申请审核表》中的备注栏中填写医师资格证书的编码。
十一、认定医师资格工作由各地卫生行政部门的人事部门会同医政部门、中医(药)主管部门组织实施，医师执业注册工作由各地卫生行政部门的医政部门、中医(药)主管部门会同人事部门组织实施。