食用菌生产种菌棒，需要办理两个资质证书：
1. 《食用菌生产许可证》
2. 《食用菌生产卫生许可证》
具体办理流程如下：
1. 申请《食用菌生产许可证》
需要准备的材料：企业的基本信息、生产设备、生产工艺、产品质量控制等相关资料。
办理机构：当地食品药品监督管理局。
2. 申请《食用菌生产卫生许可证》
需要准备的材料：企业的卫生条件、卫生管理制度、员工健康证明等相关资料。
办理机构：当地卫生监督部门。
在申请过程中，您需要按照相关法律法规的要求，对生产设备、生产环境、员工健康等方面进行严格的管理和控制，确保生产的种菌棒符合卫生标准和质量要求。