自己育种辣椒苗与专业育苗相比，可能存在以下一些原因，导致发芽率和抗病率不如专业育苗：
1. 品种选择：专业育苗通常选择经过筛选和改良的高品质品种，这些品种拥有较好的发芽和抗病能力。而自己育种时可能选择的品种质量不稳定，导致发芽率和抗病率较低。
2. 播种环境：专业育苗机构通常有更科学和合理的育苗环境，包括温度、湿度、光照等因素的控制，以及使用培养基和肥料等优质育苗材料。自己育苗时可能由于缺乏专业设备或知识，无法提供最适宜的育苗环境，导致辣椒苗发芽率和抗病率受到影响。
3. 病虫害防治：专业育苗机构通常有完善的病虫害防治措施，包括对育苗设施的消毒、无菌播种、合理的防病虫措施等。而自己育苗时可能缺乏相应的知识和手段，容易受到病虫害的侵袭，导致苗期生长不良。
4. 种子质量：专业育苗机构通常使用经过检测和处理的高质量种子。自己育苗时选择的种子可能质量参差不齐，种子的萌发率和抗病能力有所不同，从而影响了苗期的发展。
综上所述，专业育苗机构在品种选择、环境控制、病虫害防治以及种子质量等方面拥有先进的技术和设备，因此发芽率和抗病率相对较高。自己育苗时可能条件有限，因此发芽率和抗病率可能不如专业育苗。