如果淘宝店铺遭到违规预警，而没有及时进行整改的话，淘宝平台将会对店铺进行一系列的惩罚措施，包括但不限于以下几点：
1. 下架或封禁商品：淘宝平台会对涉及违规行为的商品进行下架或封禁处理，以确保消费者的权益。
2. 限制账号操作：店铺的账号将会受到限制，无法进行部分或全部操作，例如无法修改商品信息、无法发布新的商品等等。
3. 扣除信用分：店铺违规后，淘宝平台会扣除其信用分，进而影响店铺在搜索排名中的表现。
4. 暂停结算：店铺被违规预警后，淘宝平台会暂停结算，直到违规问题得到解决为止。
5. 关闭店铺：如果店铺多次违规，严重危害消费者权益，并且没有及时进行整改的话，淘宝平台将有权直接关闭其店铺。