屋顶光伏最怕以下几个方面的问题：
最怕阴影遮挡。光伏系统由于受到屋面以及周边建筑物造成的遮挡而形成的阴影，导致系统发电率降低，进而影响用户的收益。常见的阴影主要有鸟类粪便、灰尘、树荫、建筑物、落叶残枝等，这些阴影遮挡物都会对光伏系统的发电效率产生不利影响。
组件的热斑效应。在一定条件下，一串联支路中被遮蔽的太阳电池组件，将被当作负载消耗其他有光照的太阳电池组件所产生的能量。被遮蔽的太阳电池组件此时会发热，这就是热斑效应。这种效应会破坏太阳能电池，影响其正常运转。
除了以上两个方面，屋顶光伏还怕一些其他问题，比如屋顶要有足够的阳光，要避免屋顶被树木、山峰和高建筑等障碍物阻挡，保证照射到太阳能电池板上的光线量充足；屋顶要有足够的利用面积，可利用面积直接决定了光伏系统的装机容量；同时，屋顶的类型和构成也会影响光伏瓦的安装方式。另外，还要注意防水、承重、防火、防雷及后续检修等方面的问题。