质谱成像是以质谱技术为基础的成像方法，该方法通过质谱直接扫描生物样品成像，可以在同一张组织切片或组织芯片上同时分析数百种分子的空间分布特征。简单而言，质谱成像技术就是借助于质谱的方法，再配套上专门的质谱成像软件控制下，使用一台通过测定质荷比来分析生物分子的标准分子量的质谱仪来成像的方法。
质谱成像的优点: (1)定分子量准确,其它技术无法比。 (2)灵敏度高,常规10-7—10-8g,单离子检测可达10-12g。 (3)快速,几分甚至几秒。 (4)便于混合物分析,GC/MS,LC/MS,MS/MS对于难分离的混合物特别有效,如药物代谢产物,中草药中微量有效成分的鉴定等,其它技术无法胜任。 (5)多功能,广泛适用于各类化合物。X-RAY要求好的结晶,NMR要溶。