辣椒枯萎病主要危害的是维管束，一旦维管束被害，也就无法恢复。因此，辣椒枯萎病要以预防为主，才能达到理想的防治效果。
1.
土壤处理：病菌在土壤内越冬或越夏，主要靠土壤传播，一旦地块被感染，就会大面积蔓延，连片的辣椒都不能幸免，因此，在辣椒定植前，可用10亿CFU/克解淀粉芽孢杆菌可湿性粉剂200克，拌充分腐熟的有机肥进行穴施或沟施，解淀粉芽孢杆菌在适宜的温湿度条件下，快速繁殖，成为优势菌种，有效抑制土壤中其它病菌的侵染，保护作物根系。
2.
灌根处理：在辣椒进入结果期后，可结合追肥浇水，每亩用10亿CFU/克解淀粉芽孢杆菌可湿性粉剂100克，或10亿CFU/克多粘类芽孢杆菌可湿性粉剂440-680克/亩，结合浇水进行滴灌，也可有效抑制土壤中其它病菌的繁殖。