去香港和澳门只能一年一次的主要原因是针对内地居民的港澳通行证只有一年的有效期。这种限制旨在控制和管理内地居民前往港澳地区的次数和停留期限，以维护移民和边境管理的秩序。
具体来说，港澳通行证的有效期为一年，中国内地居民可以根据需要申请单程或双程签注。单程签注一般用于前往香港旅游、探亲、商务、就业等非公务活动，有效期为三个月或一年，次数可为一次或两次；双程签注则一般用于前往澳门旅游、探亲等非公务活动，有效期为三个月或一年，次数可为一次或两次。
此外，开放“自由行”个人旅游、可以申请直通香港签注的城市共有49个，包括广东省全省21个地级市和其他省的28个地级市/直辖市。在符合相关规定的前提下，内地居民可以在三个月内申请两次香港签注和一次澳门签注。如果需要频繁往返香港或澳门，可以在三个月内申请多次签注，但每次签注的有效期较短，一般为七天。
总之，这种限制旨在维护边境和移民管理的秩序，确保内地居民在港澳地区的活动合法、安全、有序地进行。