1、干养越冬
在冬季饲养鳄龟时，需要进行干养来越冬。饲养者需准备好柔顺的沙子或是椰土，进行消毒过筛后放入龟缸中，鳄龟会自行挖洞进行冬眠。在鳄龟进入冬眠状态后，还需在上方覆盖一层湿毛巾起到保湿的作用。
2、浅水越冬
鳄龟也可进行浅水越冬，当室温降至15℃以下时，可将鳄龟放入缸中，水位没过背壳，水温稳定在10℃左右。在冬眠期间还需经常观察水质的变化，发现水质变差后，需及时换水，以免滋生细菌，影响鳄龟的正常生长。
3、补充营养
鳄龟在冬季会消耗自身的脂肪来越冬，饲养者需要在鳄龟冬眠前2个月为它补充营养，囤积足量脂肪来越冬。可喂食蛋白质含量的猪肉、牛肉搭配新鲜的蔬菜水果，每天还需增加一次喂食量。