百年彘和普通彘在主要两个方面存在区别：来源和传统。
首先，百年彘是特指根据百年彘育种法培育出来的一种优良品种，其品质和口感都具有独特的优势。百年彘的育种法经过长时间磨砺和不断改良，注重保持纯种血统和优良基因，并在饲养过程中精心管理，以确保其品质达到最佳状态。在养殖环境、饲养方式和饲料等方面也有特别的要求。
其次，百年彘在中国传统文化中具有重要的象征意义。在中国，彘（音"zhì"）代表着丰富和繁荣，被视为吉祥的象征。百年彘指的是繁衍百世之永恒之福，被视为吉祥和祥瑞的象征，其肉质被认为更加鲜美。
普通彘指的是非特定的彘肉，未经过特别培育和管理的一般品种。普通彘的品质和口感可能因为饲养环境、饲料的差异等因素而有所差异。
总之，百年彘与普通彘相比，在育种法和文化传统上存在明显差异，百年彘一般被视为高品质的彘肉，而普通彘则是指一般意义上的彘肉。