动物博物馆和古动物博物馆主要有以下区别：
1. 展示内容不同：动物博物馆主要是展示现代动物的展品，包括各种动物的标本、模型，以及有关动物的知识介绍等；古动物博物馆则主要展示已经灭绝的古代动物，包括各种古代动物的化石、复原模型，以及有关古动物的知识介绍等。
2. 时间跨度不同：动物博物馆主要展示现代动物的物种和生态特征，时间跨度相对较短；古动物博物馆则主要展示古代动物的物种和生态特征，时间跨度相对较长，需要借助化石等古代遗物进行展示。
3. 研究方向不同：动物博物馆主要研究现存的各种动物的物种演化、分类、习性特征等；古动物博物馆则主要研究已经灭绝的古代动物，以及对生态环境的变迁、生命演化等方面的研究。
4. 参观体验不同：动物博物馆通常较为接近人们的观察和生活环境，参观者更容易认知和理解；古动物博物馆则主要依靠化石模型等展品重现古代生物的形态，实现让观众穿越时间和空间的展示效果，参观者需要通过大量的展品文字介绍与图像信息来探索古代动物的世界。
综上所述，动物博物馆和古动物博物馆具有不同的展示内容，时间跨度，研究方向和参观体验，同样也有许多相同之处，都是展示和研究动物的博物馆，都可以帮助人们了解动物的世界和进化过程。