市郊铁路在密云设车站的问题，涉及到多方面的考虑因素。以下是一些可能的原因：
1. 地理位置：密云地处北京市的北部，距离市区较远。如果在密云设车站，需要考虑到通勤人员的出行成本和时间成本，以及车站周边的交通配套设施等问题。
2. 客流量：密云地区的人口规模相对较小，市郊铁路在密云设车站的客流量可能无法满足经济效益。此外，市郊铁路的建设和运营成本也比较高，需要考虑到投资回报率等问题。
3. 交通需求：市郊铁路的建设和运营是为了满足城市与郊区之间的交通需求。在密云设车站，需要考虑到周边地区的交通需求和出行习惯，以及是否有其他交通工具能够满足通勤需求。
4. 城市规划：市郊铁路的建设和运营需要符合城市规划和发展战略。密云作为北京市的生态涵养区，需要保护自然环境和生态资源，市郊铁路的建设和运营需要与城市规划相协调。
总之，市郊铁路在密云设车站需要综合考虑多个因素，包括地理位置、客流量、交通需求和城市规划等。如果密云地区的交通需求确实较大，可以考虑增加市郊铁路的线路和车站，以更好地满足通勤人员的出行需求。