起亚K3发动机进水后更换了一台新发动机，但油耗却增加了3个单位。这种情况可能有以下几个原因：
1.发动机调校问题：更换新发动机后，可能需要重新进行发动机调校，以适应新的发动机性能。如果调校不当，可能会导致燃油供给不均匀或者点火时机不准确，从而导致油耗增加。
2.点火系统故障：进水可能导致点火系统的损坏或故障，例如火花塞老化、点火线圈损坏等。这些问题会影响燃烧效率，导致油耗增加。
3.传感器故障：进水可能导致发动机相关传感器的损坏或故障，例如进气压力传感器、氧传感器等。如果这些传感器无法正常工作，发动机控制系统无法准确调节燃油供给，从而导致油耗增加。
建议您进行以下检查和处理：
1.检查发动机调校：确保新发动机已经进行了正确的调校，以确保燃油供给和点火时机的准确性。
2.检查点火系统：检查火花塞和点火线圈的状态，如果有老化或损坏的迹象，及时更换。
3.检查传感器：使用专业设备检测进气压力传感器、氧传感器等传感器的工作状态，如有故障，及时更换。
4.检查其他可能的故障：进水可能导致其他部件的损坏或故障，例如喷油嘴堵塞等。对于这些问题，建议进行全面检查和维修。
如果以上方法无法解决问题，建议您咨询专业的汽车维修技师或联系起亚汽车售后服务中心，以获取更准确的诊断和解决方案。