如果水稻田边的秧苗被土狗咬了，可以考虑使用以下几种方法进行防治：
1. 杀虫剂：可以选择使用一些非常规性的杀虫剂，如三氯氢杀等，将其喷洒在被咬的秧苗上，起到防治土狗的目的。
2. 重构稻田：重新构造稻田，使其不易让土狗进入。可以根据实际情况植树、布置石子等措施，使得稻田周围形成一个边缘环境，从而有效的隔离土狗的进入。
3. 放置陷阱：可以在稻田周围或者入口处放置陷阱，如罗尼田鼠夹、张力鼠夹等，使其困住，并及时将其清除。
需要注意的是，在进行防治过程中要遵循安全和环保原则，选择合适的防治方法并正确使用药品，避免对农作物和环境造成伤害，并保护周边的自然生态系统。