程朱理学在思想上的统治地位是在明代确立的，主要原因有以下几点：
1. 明代初期，朱学成为官方哲学，明太祖朱元璋将朱熹的注疏作为标准答案，在科举考试中广泛应用。这使得朱学的地位得到了极大的提升，成为了当时的主流思想。
2. 明代永乐年间，官方组织编撰了三部《大全》，即《五经大全》、《四书大全》和《性理大全》，进一步巩固了程朱理学的统治地位。这些著作的编纂和推广，使得程朱理学成为了当时学术思想界的核心。
3. 明代中后期，随着社会经济的发展和学术思想的活跃，程朱理学的影响力逐渐扩大。尽管此时出现了王阳明为代表的心学，但朱学在官方层面仍然占据主导地位，对当时的社会思想产生了深远的影响。
综上所述，程朱理学在明代的确立统治地位，与明初官方对朱学的推广、明代中期学术思想的发展以及程朱理学本身的学术价值密切相关。
为什么说程朱理学在思想上的统治地位是在明代确立的
明初朱学统治地位主要在以下两个方面得以确立：一是明初的科举规定以“四书”、“五经”的内容作为考试的题目,以朱熹的注疏为标准答案.还规定,文章略仿宋经义,代古人语气为之,体裁用排偶,称作“八股”,又统称“制义”.二是明永乐年间组织编撰三部《大全》：《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》,与八股科举制度相结合,在封建社会后期的学术思想界以至全社会,都产生了重大的影响.
宋朝后统治者更加害怕自己的地位不保,因此思想控制是一项很重要的内容,程朱理学强调阶级之间的差距上级服从下级,君权神授十分适合元朝等朝代的统治需要.
程朱理学是在南宋中后期形成的，因为当时媒介没够发达，人们的思想比较刻板。真正被重视是从明太祖朱元璋开始的。