河姆渡文化和半坡文化是中国新石器时代的两个重要文化，它们的房屋存在差异的原因有以下几点：
1. 地理环境不同：河姆渡文化发源于长江流域的浙江省余姚市河姆渡镇，而半坡文化则起源于黄河流域的陕西省西安市半坡村。由于地理环境的不同，两地的气候、地貌、植被等条件都不同，这也影响了当地居民建造房屋的方式和材料。
2. 社会经济发展水平不同：河姆渡文化时期的社会经济发展相对较高，人们已经开始从事农业生产，并且有一定的手工业生产。因此，河姆渡文化时期的居民在建造房屋时，采用了较为复杂的建筑结构和技术，如榫卯结构、榫头结构等。而半坡文化时期的社会经济发展相对较低，人们的生产方式和技术水平比较简单，因此在建造房屋时，采用了较为简单的建筑结构和技术，如竹木结构等。
3. 文化传承和发展的差异：河姆渡文化和半坡文化虽然都属于新石器时代的文化，但它们的文化传承和发展方向不同。河姆渡文化时期的文化传承主要来自南方的良渚文化和北方的仰韶文化，而半坡文化则主要受到西北地区的马家窑文化和龙山文化的影响。因此，两地的房屋建造方式和技术也存在差异。
综上所述，河姆渡文化和半坡文化的房屋存在差异的原因是多方面的，包括地理环境、社会经济发展水平、文化传承和发展等方面。