港澳通行证有5种签注，分别为个人旅游G、探亲T、商务S、其他Q、逗留D。
1、个人旅游G 有效期可为三个月或一年，次数可为一次或两次，一般每次最长逗留7天，但也有更长的签种。目前为止，开放“自由行”个人旅游、可以申请直通香港签注的城市，按照香港入境处所公布，一共有49个：广东省全省21个地级市，以及其他省的28个地级市/直辖市。
2、探亲T 分为三个月一次有效，每次可逗留14天；或三个月多次有效，逗留不超过自首次进入之日起90天。
3、商务S 分为三个月一次、三个月多次、一年多次，每次逗留不超过7天。
4、其他Q 三个月一次或两次、一年一次或两次，每次逗留不超过14天。
5、逗留D 多次有效，出境有效期根据香港或者澳门有关部门批准的期限签发