特殊一本和普通一本的主要区别在于招生对象和要求不同。
特殊一本是面向国家重点支持高水平大学建设项目推荐的优秀普通高中毕业生进行招生，招生人数有限，对考生的要求较高，需要参加复试。
普通一本则是面向在普通高校有较好学习成绩的毕业生进行招生，招生人数较多，大多数专业只需进行单一的笔试即可录取。
此外，特殊一本的教学质量和科研水平也要求更高，教学以素质教育为主，包括更多的选修课程和课外活动；科研更注重创新能力和实践能力的培养，学生通常要参与课题研究和实验室实践。
而普通一本的教学和科研相对较为普及，但也有一定的深度和广度，学生需要完成一定的实验和科研任务。