在工程纠纷的司法鉴定过程中，通常会按照以下步骤进行：
1. **请求鉴定**：纠纷双方通常会向法院提出请求，要求对工程质量问题进行鉴定。
2. **选择鉴定机构**：法院会根据双方的要求，选择一家有资质的鉴定机构。
3. **鉴定机构接受委托**：鉴定机构接受法院的委托后，会指派具有专业知识的鉴定人员进行鉴定工作。
4. **现场调查**：鉴定人员会到纠纷现场进行调查，了解工程的具体情况，收集相关证据。
5. **鉴定报告**：鉴定人员根据收集到的证据，进行专业的分析和评估，最后撰写鉴定报告。
6. **提交鉴定报告**：鉴定机构将鉴定报告提交给法院。
7. **法院审查鉴定报告**：法院会对鉴定报告进行审查，确认其合法性和公正性。
8. **判决**：根据鉴定报告的内容，法院会做出相应的判决。如果双方对判决结果有异议，可以提起上诉。
需要注意的是，这只是一般的流程，具体的司法鉴定流程可能会因地区和具体的情况而有所不同。在进行工程纠纷的司法鉴定时，应遵循相关的法律和规定，以确保鉴定过程的公正和合法性。