最常用的方法，就是通过堆积沤制成为厩肥。
将人畜粪尿与圈土、植物细碎残体混合堆积，通过微生物的作用进行高温发酵。堆内的温度可达六、七十度，不仅加快了有机物的分解速度，还杀灭了其中的大部分病菌、虫卵及杂草种子，还通过高温反应去除了部分有害物质。一般经过三、五个月的时间就能腐熟腐透，就可以作为有机肥进行施用了。
人畜粪尿，包括其他畜禽粪尿等仍然是有机肥的重要来源，仍然是农业生产非常重要的肥料。尤其是化肥与有机肥配合施用已经是被生产实践充分证明了的、非常科学的施肥方案，是提高农作物产量和质量的最佳施肥措施。
厕所人粪尿怎样腐熟
一是密闭沤制,常用的密闭沤制方式有加盖密闭的粪缸,密封的化粪池,以及沼气发酵池等。
二是堆制腐熟,将人粪尿和碎土按一定比例,分层堆积成大粪土;或按一定比例加入作物秸秆、土和家畜粪尿制作高温堆肥。