区别：一出题人的不同。
全国卷一般由大学老师出题，自主命题一般由中学老师出题。
二适用考生不同。
全国卷是除了北京、上海、浙江、天津以外的考生使用，自主命题是由北京、上海、浙江、天津的考生各自使用。
全国卷和自主命题的区别
高考全国卷与自主命题的差别在于出题方不同。高考全国卷由教育部组织编写，统一命题，考试内容和难度相对稳定；而自主命题则由各省市教育部门自主命题，考试内容和难度可能会有所不同。这是因为各省市的教育水平和教学重点不同，需要根据当地情况进行命题。
全国卷和自主命题的区别
两种卷子至少有两大不同:
命题人构成不同,各省自主命题卷命题人有相当一部分是中学老师,而全国卷基本上由大学老师命题,专业化程度更高;全国卷命题人不会轻易受外界影响,会使试题更加稳定。
全国卷会比自主命题更“活”，各个学科都有不同，特别是语文，全国卷的作文题目往往更灵活，需要考生感悟。